Hvis webstedet stabilitet og oppetid er afgørende for dig og din nye hjemmeside, så Unix bør være dit valg, fordi de generelt menes at være overlegen i stabilitet. Windows har den ulempe, at de kræver normalt genstart meget oftere. Stadig Windows er miles forude, når det gælder brugervenlighed. En Windows-server operativsystem vil generelt være meget lettere at betjene og administrere end sin Unix modstykke. På den anden side, Unix, selv med dens stabilitet må ikke ende med at blive så brugervenlig, især for ikke-teknikere.
Der er også en pris at betale for den ekstra stabilitet, som er tydeligt i Unix-systemer. Normalt Unix-maskiner vil kræve deres software skal opdateres på et meget regelmæssigt. Alt i alt, er Unix-server operativsystemer begunstiges i forhold til vinduer, da de i vid udstrækning anses for at være mere stabil. Stadig hvis sandheden skal frem, når begge systemer er installeret korrekt, er der virkelig meget lidt forskel, og de vil give dig dybest set de samme resultater. I realiteten betyder det ikke gøre dette til en nem beslutning at nå.
I virkeligheden er dette den vigtigste faktor, der komplicerer problemet, skaber endnu mere forvirring og gør det meget vanskeligt for webmaster at træffe en beslutning enten måde. Men for mange, det endelige svar på spørgsmålet om, hvilken server operativsystem er at foretrække, er ganske ofte ved at analysere og sammenligne omkostningerne for både og gå med den mere overkommelig mulighed.