Historien i Crackdown er ikke særlig indviklet, er det meget simpelt, begynder og slutter nær starten af spillet, og derefter hele spillet er storyless. Dette er ikke en dårlig ting, fordi historien giver dig god grund til at ønske at afslutte spillet.
Når du starter spillet, er en stemme fortæller dig om "Agenturet", siger, at agenturet muterer mennesker, der bruger en formel, produceret af Shai-Gen Corporations Dr. Baltazar Chernenko. De mutere mennesker at gøre dem mere kraftfuld, stærkere, hurtigere, smartere og mere immune over for at blive såret.
Efter at beskrive dette, fortæller han, hvordan verdens politistyrker havde alt i alt skabt "agenturet", som er virkelig et verdensomspændende kriminalitetsbekæmpelse orginazation, med politiet nu at blive kaldt fredsbevarende styrker. Stemmen fortæller dig, at agenturet har gjort det hovedkvarter i verdens mest kriminalitet fyldt by, som også er hovedstaden i nationen, Pacific City. Han fortsætter med at forklare, at byen er delt op i tre hovedøer, hver styres af en anden bande.
The East Øen er kontrolleret af Los Muertos, en Central-amerikansk baserede narkohandel bande, der ikke befale respekt, men få det fra byens borgere ved at forårsage forbrydelser at skræmme folk. Vesten Øen styres af Volk, en russisk-baserede bande fyldt af illegale indvandrere og gæstearbejdere fra Rusland. The East Øen er også arbejderklassen distrikt, montering i med den type bandemedlemmer i Volk har. Nordøen styres af Shai-Gen Corporation, en højt organiseret, Japan-baserede bande, hvis medlemmer er normalt ejere af en succesfuld virksomhed.
Nordøen er det finansielle distrikt, som passer til den type medlemmer Shai-Gen har.
Efter at have forklaret alt dette, stemmen fortæller dig, at du er agenturets nyeste super-menneskelige medlem, og at det er dit job at rense gaderne i alle de gangstere fra hver af de tre bander. Han fortæller dig, at du gør dette, skal du finde og fjerne hovedbolten af hver af de tre bander.
At være i stand til at dræbe kingpin lettere, sais han, at du skal tage ned hans fire generaler og to løjtnanter, skade banden i seks måder: standse kommunikation, våben menneskehandel, trafficking sprængstoffer, hitman uddannelse, medlem rekruttering og transport. Hver gang du opnå en af disse ting, vil hovedbolten forsvar svækkes, hvilket betyder, at det vil være lettere for dig at dræbe ham. Du er derefter smidt ind i byen, og det er så op til dig at finde ud af at rense gaderne.
Der e