Den første og mest indlysende ulempe er, at PPC reklame koster penge, faktisk mere du ønsker at være højt oppe i notering position, jo højere bud, du skal gøre. Så for at bo på toppen, er du nødt til at betale højere end andre tilbudsgivere. Jo før du stopper betale for din annonce, er jo før annoncen stoppet. Trods at gøre de bedste betalinger, er der ingen garanti for, at de, der vil klikke på produktet er ægte købere. Derfor vil nogle klik være et tab på grund af klik fra folk, der ikke har nogen interesse i dit produkt.
Dette er et trick en konkurrent kan bruge, når de klikker på dit produkt for at bedrage dig, at du har mange klik, hvilket i det lange løb spilder dine penge.
Der er et aspekt af at bruge de mest almindelige PPC udbydere i marked. I sådanne tilfælde vil du blive tvunget til at skræddersy eller forme dine annoncer, der passer til, hvad de PPC udbydere vil have dig til at gøre. Hvis du gør præcis, hvad de ønsker, vil din pris pr klik sænkes og hvis det modsatte sker, vil din pay per click-tjenester koste højere.
En anden ulempe i forhold til omkostningerne ved PPC service er stigningen i budpris. Omsætningen for PPC udbydere er steget i en god måde, som tilskrives stigningen i antallet af annoncører, og hvor meget mere de er villige til at bruge. Det betyder, man skal have en højere pris bud på at sikre enhver pay per click på tilbud som konkurrencen dikterer. Det betyder, at den ekstra betalte beløb uden nogen yderligere fordele. Til sidst, en sådan tendens bliver uholdbar, og dermed en fremragende pay per click annoncering vil blive udfaset af markedet.
Der er også click-through svig, hvilket er en ekstra risiko. Mest populære PPC udbydere vise din kampagne indholdet på andre folks netværk via deres pay per click programmer. Så meget som denne form for visning er godt for dit indhold til at blive vist på relevante websider, det sætter også hele din pay per click kampagne sårba