Du har brug for to typer af gavnlige bakterier i dit akvarium. Den første type omdanner ammoniak til nitrit, mens den anden type omdanner nitrit til nitrat. Ammoniak vil være producere ved stofskifte dine fisk og udvundet fra gællerne og i fisk poo. Høje niveauer af ammoniak er farlige for fisk, men heldigvis nok findes der en gruppe af bakterier, der kan konvertere ammoniak til nitrit. Nitrit er faktisk endnu mere giftige end ammoniak, men den anden gruppe af bakterier vil vende nitrit til nitrat, som er meget mindre giftige. Nitrat kan derefter fjernes ved vand forandringer.
De gavnlige bakterier vil naturligvis nødt til at blive introduceret til akvariet, og dette kan gøres ved blot at tilføje en eller to kraftige fisk fra arter, klare godt selv med høje niveauer af opløseligt affald. Deres affaldsprodukter vil indeholde levende bakterier, end der kan begynde at kolonier egnede boliger i akvariet, såsom svamp filtre og grus. Hvis du ønsker at hoppe starte processen, kan du købe en bakteriel løsning fra fisken butik, der indeholder den rigtige type nitrificerende bakterier.
Du kan også bruge grus eller svamp fra en allerede etableret akvarium, når du opretter en ny, men du skal huske på, at dette kan indføre velvillige bakterier som godt. Når du køber en bakteriekultur danne fisk butik, bør du altid omhyggeligt læse etiketten og undgå at få Nitrobacter bakterier. Tidligere blev Nitrobacter bakterier menes at være meget stærke omformere af nitrit til nitrat, men videnskabelige undersøgelser har nu vist, at Nitrospira bakterier er meget stærkere konvertere. Nogle fisk butikker stadig sælge Nitrobacter bakterier, selvom Nitrospira bakterier er et bedre valg.
En anden metode til at cykle akvariet er den såkaldte "fishless cycle". Denne cykel metode er langt mindre hyppigt anvendes i forhold til en, der bruger cykling fisk, men det er vokset mere populære i de seneste par år. Under fishless cykling