definerende træk ved moderne computere, der adskiller dem fra alle andre maskiner er, at de kan programmeres. Det vil sige, at der kan gives en form for vejledning (programmet) til computeren, og det vil bære behandle dem. Mens nogle computere kan have mærkelige begreberne "instruktioner" og "output" (se kvantecomputere), moderne computere baseret på von Neumann arkitektur har ofte maskinkode i form af et tvingende programmeringssprog.
I praksis kan et computerprogram være blot et par instruktioner eller udvide til mange millioner af instruktioner, som gør programmerne for tekstbehandlingsprogrammer og webbrowsere for eksempel. En typisk moderne computer kan udføre milliarder af instruktioner pr sekund (gigaflops) og sjældent laver en fejl over mange års drift. Store computerprogrammer, der består af flere millioner instruktioner kan tage hold af programmører år at skrive, og på grund af kompleksiteten af opgaven næsten helt sikkert indeholde fejl.
Lagrede program arkitektur Uddybende artikler: Computerprogram og programmering af computere En 1970'erne udstansede kort, der indeholder en linje fra et FORTRAN program. Kortet lyder: "Z
(1) = Y + W
(1)", og er mærket "PROJ039" med henblik på identifikation. Dette afsnit gælder for de fleste almindelige RAM maskine-baserede computere. I de fleste tilfælde, computerinstruktioner er enkle: tilføje et nummer til en anden, skal du flytte nogle data fra et sted til et andet, sende en besked til nogle eksterne enhed, etc.
Disse instruktioner læses fra computerens hukommelse og er generelt udføres (henrettet) i den rækkefølge, de blev givet. Men der er som regel specialiserede instruktioner til at fortælle computeren til at springe frem eller tilbage til et andet sted i programmet og til at fortsætte udførelsen derfra. Disse kaldes "jump" instruktioner (eller filialer). Endvidere kan hoppe instruktioner gøres til at ske betinget, således at forskellige sekvenser af instruktioner kan anvendes afhængigt af resultatet af nogle tidligere beregning eller nogle eksterne begivenhed.
Mange computere direkte støtte subrutiner ved at tilvejebringe en form for spring at "husker" den placering, det sprang fra og en anden instruktion om at vende tilbage til instruktionen efter springet instruktion. Program fuldbyrdelsen vil kunne sammenlignes med at læse en bog. Mens en person, der normalt vil læse hvert ord og linje i rækkefølge, kan de til tider springe tilbage til en tidligere sted i teksten eller springe sektioner, der