The bygning nu brugt som klubbens hovedkvarter er et gammelt landsted, der blev bygget i 1702, før Barcelona købte det i 1954. Det blev brugt som værksted af arkitekter og bygherrer i den nye stadion Camp Nou. Når Camp Nou blev indviet i 1957 La Masia blev ombygget til brug som hovedkvarter blev åbnet den 26. september 1966, men ved 1979 La Masia var blevet lavet en sovesal for unge spillere, som ville ankomme uden for byen. Ideen om en etableret fodboldskole kom fra Johan Cruyff, som var en ungdom produkt af den meget roste Ajax Academy.
Han foreslog det til formanden for klubben på det tidspunkt, Josep Nez der accepterede det og udnævnte Oriol Tort som instruktør til over se it.One af de første kandidater af La Masia er Josep Guardiola, der startede i det første hold i 1990, han havde gradueret under Cruyffs ledelse, der indpodet Cruyff samlede fodbold filosofi, som er, hvad mange ser som en vital del af Barcelonas succes gennem årene, og vil senere inspirere andre midtbanespillere i samme støbeform som han, såsom Xavi Hernndez, Andrs Iniesta og Cesc Fbregas .
Faktisk Xavi er blevet citeret i at sige, at han anså forlade klubben på grund af mængden af tryk og høje forventninger til at blive den næste Guardiola. Efter at han havde forladt klubben og gik til udlandet i et stykke tid kom han tilbage som træner for Barcelona B-hold i 2007, hvor han lavet mange ændringer som holdet som holdet var blevet forvist til den fjerde lag af spansk fodbold og i de to år, han var der de blev forfremmet til den højeste liga de kan spille i det andet lag (dette skyldes Barcelona er i den øverste liga) .
Han reorganiserede de unge struktur og overbeviste præsident for den klub, de havde brug for at forbedre træningsfaciliteter og flytte ungdomshold, så de kan arbejde tættere med trænerne. Også hold filosofi er at integrere mindst én ungdomsspiller i de vigtigste Barcelona holdet hvert år. I de senere år har La Masia fået flere mediebevågenhed mange har udtalt det har erstatte Ajax Academy som fodbolde premi