Grundene kombinerer dyrkede blomsterhaver med strækninger af natur, herunder tætte lunde af træer, strækninger af græsarealer, en lille bæk, lotus pools og små bakker oversået med pavilloner og haller. I det 18. århundrede blev den zoologiske have kendt som Sanbeizi Gardens, angiveligt opkaldt efter den tredje søn af kejser Kangxi, Prins Cheng Yin. En anden forklaring er, at Sanbeizi referee til Qing hofmand Fu Kang 'en og haver stedet for hans villa.
Faktisk så tidligt som Ming-dynastiet, en kejserlig palæ kaldet Garden of Happiness og Venskab konstrueret til Prince Kang stod her, og i løbet af Qing, en del af de Sanbeizi Gardens kaldte Have Kontinuitet (Jiyuan) blev den private ejendom en embedsmand i Bureau of Palace Anliggender. I 1906, under regeringstid af kejser Guangxu, parken området blev en landbrugs eksperimentel gård og en zoologisk have. Kendt som Garden of Ten Thousand Dyr (Wanshengyuan), det åbnede for offentligheden i 1908.
I henhold til den successive herredømme de nordlige Warlords, den japanske og Kuomintang, parken blev mere og mere øde. Det eneste elefant døde i 1937, og den japanske, under påskud af at beskytte sig mod luftangreb, forgiftede de resterende løver, tigre og leoparder. På tærsklen til grundlæggelsen af Folkerepublikken Kina i 1949, parken huse kun 12 aber, to papegøjer og en blind emu. Parken blev genåbnet for offentligheden i 1950 og den 10. april 1955 formelt navngivet Beijing Zoo. Den zoologiske have har udviklet sig hurtigt og med 1987 dækkede et areal på over 40.000 kvadratmeter.
Bjørne, elefanter, pandaer, løver, tigre, sangfugle, flodheste, næsehorn, antiloper og giraffer blev bragt i slutningen af 1950'erne, og en gorilla bur, blad-abe bur og akvarium hus, blev åbnet, indeholder eksemplarer af over 100 arter af krybdyr fra hele verden, herunder krokodiller og kvælerslanger. På nuværende tidspunkt zoo huse over 7.
000 skabninger af 600 forskellige arter, herunder den gigantiske panda, rød-kronet kran og Pere Davids hjorte-alle unikke til Kina-såvel som den afrikanske g