Uanset, kamp i Prototype er en blast.
Brug af Funktionstaster eller en glat radial menu, der sinker spillet hver gang du kalder det op, kan du forme-shift i forskellige former, morph dine arme til vinger, en pisk, og hammerlike næver. Du har også mulighed for at bruge mere konventionelle våben faldet med fjender og i sidste ende at kapre tanks og kamphelikoptere. Sidstnævnte er særligt sjovt, fordi du kan bruge en whiplike arm til at hægte sig på dem i luften -.
Selv mens faldende fra en anden helikopter, som du er blevet skudt ned i En fordel ved at have alle disse muligheder til rådighed for dig, så godt som evnen til at skjule dig selv som nogen menneskelig tegn, du "forbruge" (læs: absorbere) at genvinde sundhed, er, at mange af de allerede varierede historie missioner (samt et par af de boss-kampe) kan gribes an på en række forskellige måder.
For eksempel, hvis du har brug for at ødelægge et element inde i en militærbase, kunne du forsøge det i en af de nævnte køretøjer, gå lige derind og satte om at dræbe eller forbruger alt der bevæger sig, stå på en nærliggende tagterrasse og kaste ting, eller selv forklæde dig selv som en soldat og distrahere den virkelige militær ved at pege på en nærliggende karakter, og erklærer, at han er fjenden. Som soldat look-alike kan du endda tilkalde luftangreb fra dine intetanende kammerater, men du får kun et meget begrænset antal af disse.
Nogle missioner, og næsten alle de valgfrie udfordringer spredt ud over hele øen, tvinger dig til at spille en bestemt måde, men for det meste, du er velkommen til at bruge miljøet og alt i det men du ønsker det.
Mercer vokser mere og mere kraftfuld som du fremskridt, men det gør hans fjender.
Det er næsten umuligt at spille Prototype uden at føle sig som Mercer er en overmandet karakter på et tidspunkt, men helst du starter blive for komfortabel, er der en god chance for spillet er ved at ændre tingene op på dig.
For at give konkrete eksemp