Det begynder på High Charity, den mobile hovedstad i konventionen, med domfældes og straffes for den tidligere øverstkommanderende for flåden af særlig Justice, kommandør Thel 'Vadamee, hvem Hierachs, High Profeter det høje råd, anser skyldig i ikke at beskytte den hellige Ring under begivenhederne i Halo: Combat Evolved.
'Vadamee derefter frataget sin rang og mærkevarer med Mark of Shame af Tartaros, Chieftan af Brutes
Historien derefter vender til Jordens Orbital Defence Platform Cairo Station, hvor SPARTAN-117 modtager den nye Mjolnir Mark VI rustning fra Master gunnery sergent Han møder Fleet Admiral Terrence Hood til en prisoverrækkelse holdt til det dobbelte med henblik på tildeling fortjenstfulde handlinger og styrke moralen i den overlevende befolkning og noteret som en krigshelt (John-117 har allerede modtaget alle medaljer bortset fra "Prisoner of War" medalje).
Festlighederne er snart afbrudt af Cortana rapportering "15 Covenant Capital Skibe holder position lige uden for kill zone", signalering start til Covenant Belejringen af Jorden. UNSC Marine styrker sammen med SPARTAN-117 beskytter station fra invaderende Covenant Naval Infantry men andre stationer blev ødelagt af Covenant. Efter at have sendt bomben, at pagten havde placeret på skibet tilbage til rummet (ødelægge flere skibe) han landede på en UNSC skib og derefter de hoved til overfladen af Jorden til New Mombasa at kæmpe mod Covenant hær, ledet af den højtstående Profeten af beklagelse.
Efter Pagtens invasionsstyrke er bremset af UNSC forsvar, profeten beklagelse flygter Jorden med Miranda Keyes, kaptajn Keyes datter, og hendes løsrivelse i forfølgelsen på In Amber Clas. Den forhastede i-atmosfære spring ødelægger byen New Mombasa; ødelægge Space Elevator og spredning vragdele i miles omkreds.
Historien derefter vender tilbage til den vanærede Sangheili Commander, Thel 'Vadamee, der får chancen for indløsning af de høje profeter sandhed og barmhjertighed i at tage op kappe Arbiter, sammen med den forestående dødelighed af opgaven.
Den nye Arbiter accepterer og bliver vilje profeterne, der søger at fuldføre den umulige opgave for indløsning af sine forbrydelser. Thel 'Vadamee har til opgave mordet på en Heretic Leader, der desillusionerede med Covenant efter begivenhederne den installation 04 op til dens ødelæggelse. Thel 'Vadamee sporer Heretic Leader hele gassen mine (kursusrække Kættere og syndfloden), hvor Kættere søgte tilflugt. Når Thel 'Vadamee er en