Master Chief kæmper profeten beklagelse.
Turning tilbage til SPARTAN-117 historie, Keyes forlader slipspace i hendes skib uopdaget med profeten beklagelse uvidende om, at han var blevet fulgt. Til overraskelse for de forfølgere, opdager de, at Beklagelse førte dem til en anden Halo Ring. Keyes snart fastslår, at deres mål er at fange profet Beklagelse og stoppe Pagtens fra fyring af Halo Rings; SPARTAN-117 tabes på overfladen af installation 05 med ODST'er at fjerne beklagelse.
I løbet af forfølge Beklagelse, SPARTAN-117 opdager ved hjælp af Cortana, at profeten har til hensigt at personligt aktivere Halo. Keyes beslutter, at den nye åbenbaring om beklagelse intentioner berettiger hans død, som SPARTAN-117 med succes opnår. Men før de kan gøre hans flugt, Pagtens og High Charity, som netop er ankommet, forsøg på at dræbe SPARTAN-117 ved at glassing området, og han springer i søen omkring Beklagelse placering.
Uarbejdsdygtig fra chokket over Pagtens bombardement, SPARTAN-117 er sidst set at blive trukket ind i dybet af søen med fangarme i Gravemind, en gammel og meget intelligent Flood form.
Historien skifter nu tilbage til Thel 'Vadamee på High Charity, i kredsløb omkring ringen. De Hierarchs havde erklæret Beklagelse død at være Elites 'fiasko, og de blev fjernet som beskyttere af profeten, som skænke den rolle, de Brutes, der forårsager mere spænding mellem Brutes og Elites som allerede på kant med hinanden.
På trods af dette Thel 'Vadamee får en ny mission for at inddrive en hellig element fra biblioteket, ikke at have døde i hans tidligere mission som alle havde forventet. Gør hans vej gennem Karantæne Zone står snesevis af Flood og Sentinels på overfladen af installation 05 søger Aktivering Index, Thel 'Vadamee gør hans vej ind i biblioteket og indfanger indekset sammen med Keyes og Johnson, efter at de genvundet den fra dens beskyttende h