Nogen tid senere noget af kontingent blev hoppede og slået af rasende hvide med dæk jern.
Daniel underviste på Brooklyn Prep, hvor han følte sig frygtelig kvalt. Han blev senere ansat som assisterende professor i Dogmatic Teologi. Der opmuntrede han sine elever til at undersøge slum boligforhold, der eksisterede i Syracuse. Som en konsekvens, hans elever afdækket en ubehagelig forhold mellem kollegiet og lokale udlejere. Som følge heraf nogle opfordrede til hans tilbagetræden. Daniel kom i yderligere problemer for at understøtte en vokal pacifist og krig resister.
Han grundlagde International House off campus med det formål at tjene som et samlingssted for studerende, hvis interesser faldt sammen med moralske diskussioner, indre by aktivisme, socialt arbejde og mulige ture i tolden i udviklingslandene.
Til sidst, lidenskaber og aktivisme i Berrigan brødrene mødes. Mellem årene 1960 gennem 1963 Daniel sendt sine elever til sin bror Filip til at hjælpe Kongressen af etnisk ligestilling (CORE) i sine kampagner borgerlige rettigheder.
I 1963 blev brødrene inviteret til at deltage med andre gejstlige i et forsøg på at integrere faciliteterne på Jackson, Mississippi lufthavnen. Der skulle de mødes med James Farmer af CORE at planlægge en strategi. De indså, at deres engagement kan resultere i fysiske tæv og fængsel tid. Biskop Jackson, som var Daniels overlegen, frygtede repressalier mod de lokale kirker, forbudt Daniel fra at gå. Daniel søgte vejledning fra sin mentor Thomas Merton, forfatter til den berømte teologiske og filosofiske arbejde, Seven Story Mountain . Merton rådede ham til at følge hans overlegne ønsker, men at fortsætte i hans bredere mission. Daniel i sidste ende adlød hans overlegne. Hans bror, Philip, som josefit, fortsatte med at konfrontere Jim Crow i syd og blev involveret i distribution af mad og tøj. Philip fortsatte aktivist og konfronterende engagement både i borgerreSpild Liv Med Ulogisk Politisk Beliefs