århundrede og fremefter spioner blev officielt uddannet og ordet Shinobi definerede en hemmelighedsfuld gruppe af spioner. Strategien blev taget op af den kinesiske militær also.In det 15. århundrede ninjaer blev hyret af hensyn til raiding. De var terrorister og brandstiftere par excellence. I modsætning samurai Japan kæmpede åbne dueller. Men under urolige tider med Sengoku periode var der stor efterspørgsel efter ninjaer og mindre betydning blev givet til respektabilitet. De ninjaer blev spioner, eksperter i baghold angreb og spredning agitation.
Der var familier af ninjaer, der dannede store guilds hver har sit eget område. Inden for dem var der ranking med Jonin er den øverste mand, den Chunin er den midterste mand og assistenterne bliver Jonin. Den laveste var lavere mand eller Genin. Sidstnævnte blev rekrutteret fra de lavere rækker og sendt ud til forkant med trouble.Following belejringen af Osaka i 1614 de ninjaer atter kom til at blive ansat. Miura Yoemon var en ninja ansat af krigsherren Tokugawa. Han hyrede flere ninjaer fra IGA klaner og sendt ti af dem til Osaka Slot.
Det er værd at nævne her, at ninjaer, der kom fra klaner. I den præ-moderne gamle Iga provinsen levede IGA og Koga klaner. I denne region landsbyboerne var hovedsagelig beskæftiger sig med at blive uddannet til at være ninjaer. Efter en sådan afgørende sejr IGA ninjaer blev vagter til det indre område Edo Slot nær moderne Tokyo. De ninjaer i Koga-klanen fik aftaler i politiet og hjulpet i bevogtning de udvendige porte slottet. I den tid var Japan oprindeligt kendt som Ozakajo. Osaka spillede en vigtig rolle i foreningen af landet i det 16. century.
The ninjaer tog en central rolle under bonden oprør kendt som Shimabara Rebellion i det 17. århundrede. Bønderne var stort set kristne. De Koja ninjaer blev ansat af en shogun en person af militær rank.In de første år af det 18. århundrede shogun Tokugawa Yoshimune oprette et efterretningstjeneste, Oniwabanshu, bestående af ninjaer. Det sikrede oplysninger af hens