pulære stoffer er antibiotika, som kan administreres oralt. Antibiotika, såsom doxycyclin har været kendt for at være effektive, især hvis sygdommen er i dens tidlige stadier. Amoxicillin er også almindeligt anvendt til at bekæmpe Lyme sygdom og har været kendt for at forstyrre Borrelia bakterier ved bebo sin celleopformering. Et andet lægemiddel er ceftriaxon, der administreres intravenøst og kan forstyrre bakterierne inde i centralnervesystemet. Andre medikamenter omfatter ibuprofen, som bruges til at lindre fælles og muskelsmerter, som er et direkte resultat af Lyme sygdom.