Han blev ligeledes involveret i en intens kontrovers om aktiemarkedet.
Villar blev beskyldt for at misbruge sin indflydelse som derefter senat præsident til ulovligt profitere fra den offentlige notering af sine aktier i VistaLand og Lifescapes Inc. på filippinske Fondsbørs (PSE) i 2007. Ivrig efter at drage fordel af et marked boom, han efter sigende presset den PSE bord til at godkende frigivelsen af 29,28 procent af hans egne aktier i VistaLand før den obligatoriske lock-up periode på 180 dage var op, effektivt at fritage sine virksomheder fra børsregler.
Dette tillod ham at afhænde store blokke af aktier til investorer-mange af dem var OFW's-og netto mere end P8 milliarder. Kort efter, at aktiekurserne faldt, hvilket køberne til at absorbere enorme tab. De fleste af provenuet fra panorerede transaktion blev siges at være blevet øremærket til hans præsidentvalg bud.
I løbet af sin embedsperiode, blev Joseph Estrada også knyttet til aktiemarkedet uregelmæssigheder.
BW Ressourcer en lille gambling selskab noteret på den filippinske Stock Exchange og forbundet til folk tæt på ham, primært forretningsmand Dante Tan-sigende en af de udvalgte få, der bestod Estrada er "Midnight Cabinet" -experienced "en rivende anledning" i sin aktiekurs på grund til en formodet handel manipulation. Virksomheden blev ikke tjene penge endnu prisen på aktierne steg. Estrada blev beskyldt for prodding statsejede finansielle institutioner som SSS og GSIS til at erhverve store dele af selskabet med henblik på at sætte skub i aktiekursen.
Den efterfølgende undersøgelse førte kun til yderligere forvirring, når lederen af overholdelse og overvågning gruppe, Ruben Almadro, af den filippinske Stock Exchange (PSE) og hele hans stab fratrådte at sige "Jeg tror, jeg kan ikke længere effektivt gøre mit job." Begivenhederne opfostrede et negativt indtryk vidt og bredt. "The BW kontrovers undermineret udenlandske investorers tillid til aktiemarkedet, og også bidraget til en større tab af tillid i Filippinerne blandt udenlandske og lokale investorer på bekymringer, kammerateri kan have spillet en rolle.
"