Behandlingen er tilgængelig for afrikansk trypanosomiasis, men det er dødelig, hvis venstre ubehandlet. Behandling af inficerede dyr udføres generelt under anvendelse af helbredende lægemidler. Desværre er udbredt modstand mod helbredende og profylaktiske forbindelser. Behandlingen er vanskelig og ikke uden risiko, da de lægemidler, der anvendes til behandling af trypanosomiasis er meget giftige.
Problemet bliver forværret som følge af forekomsten af lægemiddelresistens.
Behandlingssucces i det andet trin afhænger af et lægemiddel, der kan krydse blod-barrieren -brain at nå parasitten. Sådanne lægemidler er ganske toksiske og kompliceret at administrere.